もしご存知の方がいたらおしえて下さい。

現在妊娠中で、子供が生まれて５ヶ月くらいしたら兄の結婚式のため日本に帰りたいと思っています。
ただ私が住んでいると所は大変田舎で、日本領事館まで飛行機でないと行けない距離です。
パスポートを取るためだけに国内旅行するのは面倒なので、子供にカナダのパスポートを取って
自分は日本国籍のままなので日本のパスポートで帰ろうか考えています。

カナダ出国時、または日本入国時にトラブルにはならないでしょうか。

できます。
そんな人山ほどいます。
カナダにいる日本人は本当にバカばっかりですね。

出来るとは思いますが、日本のパスポートを出すようには推奨しています。

コメントありがとうございました！
日本のパスポートは帰国時に作るようにしたいと思います。

全然大丈夫ですよ。日本のパスポートをとる必要はありません。日本に住むなら必要になりますけど。
心配なようなら戸籍謄本だけでも持っているといいですよ。
入国審査も外国人の列に二人で並べます。ご心配なく。

家族で国籍＝パスポートが異なることはよくあることだとおもいますが。

カナダのパスポートで日本に入国したお子さんの日本のパスポートって、日本国内で作る事なんてできるんですか？大人のパスポートとは違うから大丈夫なのかなぁ？トピ主さん戻られましたら、ぜひ体験談聞かせて下さい。

↑
わかりませんね。
申請は代理人の方が出来たとしても受け取りはご本人以外できないので
生まれて半年も経たない赤ちゃんを旅券センターに連れて行くということになります。
急用、突発的事情であるなら致し方ないですが、、。

銀座にでることがあるかと思うので、この件については旅券センターできいてみます。
外国のパスポートで入国した重国籍者(国籍保留届け提出済みの２２歳以下の子供）が日本滞在中に日本国旅券申請可能なのかどうかということですよね。
しばらくお待ちください。

↑できますよ。
むしろ、できない理由がわかりませんが・・・。

↑

出来ますよと断定できる理由は経験者の方ですかね。
でしたら疑問を持つかたに詳細をかいてあげましょうよ。それが親切というものですよ
あなたのレスを元に近日中に旅券センターでその旨聞いてみますよ。