母子での帰国予定です。
2人共、日本のパスポートのみです。
子供と2人の為、混雑時は機械での入国をしたいのですが、
私のPRカードと子供のバースサティフィケイトは、どう扱うのでしょうか。
機械に通すのでしょうか。

バースサティフィケートは、機械に通せなかったと思います。
たしか、PRカードとパスポートのみだったはずです。
つまり、PRカードを持つお母さんは機械でもOKですが、お子さんはカナダのパスポートを持っていないと機械では無理だと思います。
入国審査は確かに混むのですが、私は数ヶ月前に日本より帰国した際、子どもがぐずぐずやってなかなかすすめず（バンクーバー着が日本の夜中ですので）、入国審査のところへやっと到着したらがらーーんとしてました。私は機械のほうへいったのですが、カウンターも並ぶ必要のないほどがらがらでした。
時間を少しずらしてから審査のカウンターのほうへ向かうのも手かもしれません。

家族で審査を受ける場合は、全員が機械読み取りのカードを持っていない限り、全員で窓口の方の列に並ばされます。一人でも機会用のカードの無いメンバーがいたらだめのようです。

先週帰国し、入国審査で初めてマシーンを使いました。
マシーンに通すのは、飛行機の中で配られる入国審査の紙と、自分のＰＲカード、そして子供のカナダのパスポートです。
お子さんが日本のパスポートの場合はマシーンではなく、一般の列に並ぶしかないです。