Spaのギフトカードを使おうと思うのですが、その場合のチップはカードから払ってもいいのでしょうか？
それとも、ギフトカードにその分の金額が残っていたとしても、チップは現金で置いてくるべきなのでしょうか？

ギフトカードに少量の金額が余っても次回使いにくいですので、できれば一回のスパトリートメントで、スパ金額＋消費税＋チップでうまく満額になるように使い切ってしまいたいのですが。

スパごとに規定があると思いますが、ギフトカードからチップを払えないところは多いです。
もし、チップにも使えるなら、遠慮せずに使っていいです。
予約時に聞いてみればいいと思います。