歯石とりの予約がまもなくきますが、妊娠６週間です。このまま行ってもよいのでしょうか？

大丈夫ですよー。デンティストに一応妊娠中というのを伝えたほうが良いと思いますが問題ないと言われると思います。
私も妊娠中（確か７ヶ月）の時に行きました。
妊娠中だと普段より出血するかもしれませんが(身体の水分バランスが変わっているので）。