アパートの部屋に契約した人物と違う人達が住んでいる場合、それらは、違法になりますか？ただの退去だけで終わるのでしょうか？

大家（あるいは、アパートの管理会社、マネージャー）に無断で別の人が住んでいたら、退去で、もちろんデポジットはその人には戻りません。

デポジットの戻りがあるとすれば、その部屋を契約していた人に戻ります。
また、ダメージがあった場合、入居中の火事や水漏れなどでテナントに責任がある場合には、契約していた人に賠償責任があります。

責任を取らされるのは契約者で、契約せずに住んでいた人は、退去させられるだけです。
デポジットや家具引継ぎを以前に住んでいた人に支払っていたとしても、それは大家からは戻ってきません。

契約書の内容によりきりだと思います。

私の友人は契約が終わる前に退去し、別の方が入居しました。その際のペナルティーは無かったようですが、次に入居する人を探す必要がありました。

皆それぞれ契約内容が違うと思うので、アパートのマネージャーもしくは大家さんに尋ねてみるのが１番だと思います。

普通にリースのトランスファーすればいいんじゃないですか？
大家に無断でやるのはだめですよ。