VISAカードを使用し支払いをしました。

使った金額とは別に＄50の引き落としがされている場合（同日、同社から）
どこに問い合わせをすればいいのでしょうか？

カード会社に支払いを止めもらうのでしょうか？
支払先の会社に連絡をしなければならないのでしょうか？

こんなことはよくあることなんでしょうか？

今日、うちも主人のVISAが勝手に使われていたのが発見
一応、そういう時のために保険？のようなものに入っているので
引き落としはされないで済みました。
カード会社に連絡されたほうがいいと思いますよ。
でも、文面では同日、同会社となっているのでお店側のミス
ではないかと思いますが・・・
お買い物されたお店に問い合わせをするのも方法かもしれないですね。
支払う必要がないもには、絶対払いたくないですよね。

すぐにVISAカード会社に電話して、調査を依頼しましょう。

同日ということはオーソライゼイションではないでしょうか？
オーソライゼーションはビルではないので例えダブルオーソがあっても多くの場合２〜３でセルフクリアになります。本当に間違いでWチャージであれば請求書があった時点で問い合わせすることです。