現在カナダ在住です。

日本の会社での仕事をしています。給与からは源泉徴収がされていないため、所得税を払う必要があると思うのですが、自分で計算をして払う形でよいのでしょうか？

あと、海外に住んでいる場合、日本で所得税の支払いは、いつ、どのようにすればよいのでしょうか。

よろしくお願いします。

カナダに住んでいて、日本から源泉徴収されていないのであれば、カナダで普通にタックスリターンをすることになるはずです。日本側に払う必要はありません。万一、源泉徴収されてしまっていても、カナダ側にはその差額を払うだけでいいです（日本とカナダの間に協定があるため）。もちろんきちんと証明しなければなりませんが。

私も時々日本からフリーランスの仕事をもらい、日本の口座に振り込みしてもらうのですが（源泉徴収はされていません）、普通にカナダの収入とあわせて年収を計算し、カナダに税金を払っています。
私の場合は、その月の為替の平均を使って、カナダドルに換算して計算しています。

日本に住民届けが残っている場合は、日本で申告をしてから、その申告書のコピーを添えて、カナダで追加申告をします。その際、カナダの方が税率が高ければ追徴で課税されますし、日本で払った税金の方が高ければ追加で課税されることはありません。日本とカナダでは税金の二重課税をしない協定が結ばれているので、それによるとどちらかの国に合わせて税金を払えばよいということになります(両国で同じように課税されることがない)。

どちらにしろ、日本で申告し、カナダでも申告しなければならないという事実にはかわりません。でも、住民票が日本になければ、納税の義務はありませんから、日本での収入を証明する書類を使い、カナダドルに換算した金額を収入として、カナダ政府のみに申告します。

日本で申告する義務がある場合は、書類作成、支払い等は会計士に任せるしかないでしょう。自営業の方ですか？カナダの締め切りは6月の半ばですよね。日本ではもっと前に申告していないといけないんじゃないでしょうか？早めに動かないと利子とかとられることになり、面倒なことになりますよ。