カナダのパスポートならバースサーティフィケートが必要ですし・・
(必要な書類は郵便局で手に入れられます。)
バースサーティスケートが手元に届いて、書類がそろっていれば、ヴィクトリアにあるオフィスに直接持っていけば1週間ほどで出来ます(期間は3年です)
日本のパスポートのほうが時間がかりますよ。
http://www.vancouver.ca.emb-japan.go.jp/jpn/passport.html#tokousyo
日本に行くだけなら渡航書を発行してもらって(何が必要かはは直接領事館に確かめてはどうですか?)
日本でパスポートを申請するのは?
領事館に日本の出生届けを出しているのならば、その1部は領事館のほうに保管されていますから、日本人である証明は出来ると思うのですが