暫くの間、日本にいなければならない事情で、更新したＰＲカードを本人が取りにいくことができません。このまま取りに行くタイミングを逃してしまった場合、ＰＲカードは完全に失ってしまうのでしょうか？　

条件は満たしているのですか？（５年の内、２年以上カナダ居住）

どの時点から遡っても５年の間に２年を満たしていれば大丈夫ではないですか？カナダに戻って来る際にカナダ大使館でトラベルドキュメントを発行してもらい入国。その後、再度申請してみては？

もしも条件を満たしていないなら無理だと思います。