日本に帰国した際に、パスポートの更新。その時、苗字が旧姓から今の結婚後の苗字に変わるのですが、カナダに戻ってくる際の航空券の苗字の変更は旅行代理店で変えられるものなのでしょうか？もし、同じような経験をされてる方がいらっしゃいましたら教えてください。

片道航空券を買った方が無難です。

私は経験者ですが、古いパスポート、結婚の証明書（姓が変更になったという記載がある）など考えられる全てを持って空港へ行きましたがカウンターで騒ぎになり、宣誓書（入国時にトラブルがあっても私の責任です、みたいな）にサインしてようやく搭乗することが出来ました。
入国時は、「結婚おめでとう」みたいな感じで、問題なかったのですが。 　

↑搭乗直前のカウンターでやろうとするから、トラブルになったのでは？トピ主さんのように、氏名変更の手続きを前もってやっておけば大丈夫でしょう。

日本には往路のチケットですでに入国して、手元に復路の航空券があるんですよね？

だったら、旅行代理店というより、まずは航空会社に電話して聞いてみるのが確実だと思います。 　

まだ日本には入国してないのでは？
これから往復のチケットで一時帰国して、氏名変更の手続きをする予定、なんですよね？ 　

エアカナダに聞きました（今年の話）。
絶対ダメだそうです。
名前が変わるなら最初から片道を買ってくださいとのことでした。

また、一度発券した航空券の名前は変更できませんので、旅行代理店に電話してもだめです。
（First Nameだと１文字くらい直せることもありますが、Lastは絶対ダメです。）

普通に片道を買った方がいいですよ。 　

どちらにお住まいなのかわかりませんが、日本の領事館に行けるエリアであれば今お手持ちのパスポートの「記載事項の訂正・変更」を申請して、結婚後の苗字を記載してもらい（現在のパスポートのページ内に新姓が書き加えられます）、その名前でチケットを購入すれば、帰国時にパスポートとチケットの名前が違うという問題は起こりません。

パスポートの記載事項変更申請で多少手数料はかかりますが、片道チケットを２枚買うより安いのではないでしょうか。 　

ご両親の戸籍から自分が筆頭者になった戸籍が完全にできるまでは、パスポートの氏名の変更はできないのではないのでしょうか？（追記にしたとしても・・）
領事館では戸籍が新しく出来てから・・と言われました。