今度日本へ帰ろうと思うのですが、トロントから成田の格安チケットを見つけました。で、成田から地元の空港までは自分でＡＮＡのサイトから買おうと思うのですが、このように別に航空券を買った場合で、乗継ができなかった場合、次の便に振り替えたりしてもらえるのでしょうか。

こちらに住んでいるならANAの安い日本国内航空券が使えます。
WEBじゃなくて旅行代理店に行った方が良いよ。
同じ航空会社の方が国際線が遅れて国内線に乗れなかったなどの情報が共有できるので、そうしたほうが良いですよ。