最近、TV JAPANの受信を始めました。
番組表と実際の番組が違っていることがあるのですが、こういう事は
よくあることなんでしょうか？

よくありますよ。
緊急での大きなニュースなど入った、放送予定だったけれど著作権（・・と言うのか確かでないですが）の問題で急きょ番組変更など。
TVjapanのWEBだと新しい情報ですし、WEBからメンバーになる申し込みをすると変更があればEメールにて連絡が来ますよ。