カナダの出生届けについてなんですが、
ミドルネームの代わりに私の苗字を
入れるのはおかしいでしょうか？

名前　私の苗字　主人の苗字という感じです。

おかしくないですよ 　

うちは、そうしました。娘のミドルネームは、私の旧姓です。 　

私もハイフンの名前が嫌なのでそうしましたよ。
主人の姓に変えたいけど旧姓も捨てがたい。せっかく残せるんだから残して置こうという軽い考えです。
問題ありませんよ。