子供にミドルネームをつける予定なのですが、
カナダのBirth Certificateとカナダのパスポートにはミドルネームを登録し、日本に届ける出生届と日本のパスポート申請の際はミドルネームなしで登録することは可能ですか？すべて一緒にしないとあとで困ること等ありますか？ご教授いただければ幸いです。よろしくお願いします。

日本領事館で貰える『出生届書類キット』にその辺の事が詳しく書かれていますので、そちらを参考にされると良いと思います。

うちの子もカナダではミドルネーム有り、日本ではミドルネーム無しで届け出ています。 　

ちなみに、日本でもミドルネームの登録できますよ。ご存じの上のことかもしれませんが、念のため。 　

うちの子も、カナダでの名前は３つあります。カナダのバースサティフィーケートは名前３つ＋旦那の苗字（例：John Michael Taro Smith)、日本の戸籍は日本名（３つ目の名前）＋私の旧姓（山田　太郎）になっています。

カナダのパスポートはバースサーティフィケート上の名前と一緒ですが、日本のパスポートは

Yamada（Smith)　Taro（John　Michael)となっています。

私が出生届を提出した際（約２年前）は日本にはミドルネームというものは存在しないので、名前に続けて入れるようになる、と領事館の方に言われました。（山田　ジョンマイケル太郎　という風になるそうです。） 　

みなさん、早速のレスありがとうございます。
大丈夫そうなので安心しました。ありがとうございました。