カナダ生まれの未成年のお子さんで日本とカナダの両国籍をお持ちの方で日本のパスポートは日本人である母親の苗字がパスポートに記載されますが、カナダのパスポートはカナダ人の父親の苗字が記載されている場合、日本に入国・出国時は日本のパスポートを使い、カナダに戻る場合はカナダのパスポートを使用したらよろしいのでしょうか。
航空チケットに記載されている名前がパスポートとマッチしなくてはならないため、どちらのパスポートを使ったらよいのか教えてください。同じシチュエーションの方がいましたら、どのように使い分けたか教えてください。
お願いします。

どちらかひとつのパスポートを使えばよいのでは。
３ヶ月以上の滞在なら日本のパスポート。そうでなければどちらでも。 　

日本に帰国する時だけ、日本のパスポートを使えば良いと思います。もちろん出、入国共に同じパスポートでないといけませんよ。航空券＝パスポートの名前は、一緒でないとだめですので、日本のパスポートに、父、母の姓名どちらも記載すればいいです。今はカナダのパスポートで帰る人が多いみたいですが、領事館、入国審査員などは、日本のパスポートで帰国してください。といいます。 　

アドバイスいただきありがとうございます。
日本のパスポートに母親と父親の両方の苗字を記載することって可能ですか？日本のパスポートは名前と苗字を1つずつしか記載できないのでは？
もし、3ヶ月以上日本に滞在しない場合でも日本のパスポートを使って入国し、出国手続き時も日本のパスポートで出国した場合、カナダ入国の際はカナダ人としてカナダのパスポートで入国すればよろしいのでしょうか？(その際、航空チケットと名前が一致しなくても大丈夫なのでしょうか？カナダのパスポートはFIRST,MIDDLE、LAST ネームと苗字も違う上にミドルネームもあるので。。。）質問だらけですが、実際体験された方、ぜひアドバイスください。お願いします。 　

＞日本のパスポートに母親と父親の両方の苗字を記載することって可能ですか？

可能。例：YAMADA(SMITH) 　

日本のパスポートにかっこで主人の苗字を載せることが可能ということですが、その場合、航空チケットはパスポートどおりの名前でなくてはならないということで、”名前　母親の苗字(父親の苗字）”という形でチケットとブックすれば良いということでしょうか？
その場合、カナダ帰国時は上のチケットの名前(ミドルネームが入っているため）と違うカナダパスポートでもOKということですか？
お返事ください。 　

各航空会社に問い合わせるのが確実らしいですが・・・

ご参考までに
http://komachi.yomiuri.co.jp/t/2006/0821/099897.htm?g=09 　

日本入国・出国、カナダ入国、すべて日本のパスポートを使いました。（（　）内に父親の苗字入りです）。ただし、この場合、カナダ入国の際に子供のカナダのバースサーティフィケートの提示を求められるので、必ず携帯するようにしています。 　

ウチは使い分けていません。いつもせいぜい３週間ほどの滞在なので、カナダのパスポートを使っています。

どうして二つのパスポートを使うことにこだわるのでしょうか。使い方がわからないということは、二つを使い分けるメリットもわからないということですよね。

未成年といっても、高校生の年頃で、日本でバイトをしたいとかなら、話はわかりますが。