１３歳の娘の事で相談です。

最近思春期なのか父親への反抗、（もちろん母親にもですが。）に困っています。
妹にも嫌がらせしたり、家族に嫌われる事ばかりします。
学校での成績は上の方ですが、最近は問題のある子達と仲良くしているので心配です。
家庭で出来ることなどアドバイスお願いします。

反抗期に差し掛かってますね。これからもっと大変になると思います。今のうちに家族との絆をしっかりと結んでおいてください。

食事は必ずいっしょに、休日は家族と何かをする。
妹ばかりかわいがってるってような態度を取らない。
会話を欠かせない、毎日スキンシップをかかせない。
親がいつも愛してることを見せてやってください。
一つ一番大事なのは夫婦円満を心がけることです。
夫婦仲が悪くなると、子供は自分の居場所を外へ探しにいってしまいます。

問題のある子供さんと仲良くしてるようですが、時々、友達を自宅へ呼んだり、お子さんに友達の話を聞くことも大事だと思います。
そうすることによって友達を客観的に観察でき、良いか悪いか判断できるようになると思います。
学年が変わると友達も変わることもあるから、あまり神経質にならないことです。
　

私もこの時期、親がうっとうしかったな。だから、娘さんの気持ち分かります。でも、ほっといてくれたから乗り切れました。 　

ほっといても大丈夫な子と、そうじゃない子がいると思う。 　

そうそう、私がそうでした。
周りの友人がヤンキーに走りだし、もともと幼馴染だからヤンキーだろうが友達としての付き合いは変わらないんですけどね、でも親はかなり過敏な反応を示して厳しくなりました。
それに反抗していたけれど、今となってはあのとき親がしっかり目を掛けてくれなかったら自分は流されていたかも、って思います。
実際、ヤンキーの友人にも「○○のとこの親は心配してんだから、やめときなよ」とか、親がどれだけ口煩いかという話をすると、「いいじゃん、親が心配してるだけ。うちなんてほったらかしもいいとこ」って言われたことがあります。やはり、そういう子たちって親の愛情に飢えている（飢えていた）のでしょうね。
トピ主さんなりに、どれだけ心配なのか、親の気持ちを十分に表現してあげてください。反抗期が過ぎた頃、きっと分かってくれると思いますよ。