”3. two (2) pieces of the child’s personal identification (for example, school record and a health
insurance card). For a child under school age, identification such as a passport page containing his or her photo and personal details, or a hospital or immunization record, may be provided.”
と書いてありますが、お子さんは日本でのIDしかまだないので、パスポートと戸籍謄本(翻訳されたもの)を出せばよいのではないでしょうか?
日本で提出するのならば住民票や国民保険書など、受け付けてくれるのですね。
母子手帳も受けてくれそうにガイドには書いてありますが、もしカナダで日本のもの(外国の書類)を出すのならば、できるだけOfficial Document/Identificationがよいかと思います。
Family Registryはある国とない国があるので、Exampleの中にはありませんが、もう一度、CICにPassport,Japanese Family Registry,Health Recordsのなかで提出するのにはどれが一番よいのか聞いてみたらいかがでしょうか?