初めまして、ワーホリビザで入国予定のものです。

住まいについてなのですが、現在掲示板からのホームステイを検討しております。

ですがエージェントに聞くと問題があったり揉める場合がある、などと聞きます。
個人的には問題も海外の醍醐味だと思っていますし、仮にそういうことがあってもすべてがそうではないと思うのです。

実際のところエージェントを通したホームステイと掲示板のホームステイは違いはありましたか？
よければ教えてくださると幸いです。

一定の信用がある会社を通して契約するか
見も知らずの人とメールで契約するかの違い

入金はどうすんですか？

問題というのはどこにいても何をしても多々あるものです。
ただ、日本ではホームステイというと、家族の一員として一緒に暮らす、というのを想定してしまいますが、こちらはただの部屋貸しビジネスなので、そこを理解していれば、無駄に失望しないかと思われます。