こんにちは。今、アトランティックカナダにいます。アトランティックカナダには特別な移民プログラム(AIPP)というのがあり、その中の就労ビザを申請した後に、永住権申請を３ヶ月後にできるというものに、仕事先の協力を得て申請しました。これにはLMIAはいりません。一昨日申請したのですが、その申請をする直前に店長から、永住権を申請したら二年働かなくてはいけないと知らされ、レストランの仕事のきつさからして、二年は働けないと思い、一年ではどうかと聞いたところ、一年だと就労ビザだけ出すと言われ、その時、それで納得してしまい、書類を申請した後に、やはりこのレストランでもう一年働くのは無理だと考え、店長にも伝えました。この場合はすぐカナダから出ないと違法なるのでしょうか？ワーホリのビザはつい昨日で切れてしまいました、、、

AIPPの申請の結果の返事がくるまでは合法でカナダに滞在できるはずです。
ただ、もしAIPPの申請のキャンセルの届出を移民局に出したのならできるだけ早く出国した方がいいと思います。

永住権申請は２年勤務、就労ビザは１年勤務というのはその店長が勝手にレストランの都合か何かで独断で言ってるだけです。そんな法律はありません。
もしその旨が記載されている契約書などにあなたが合意してサインしたのなら守らなければなりません。
契約書などなくただの口約束みたいな感じだったら、私なら永住権取得できたら適当に理由つけてさっさとその職場を辞めます。

永住権取れてから２年勤務なのか、申請してから２年勤務なのかわかりませんが前者ならかなり長期間で働くことになると思います。