今回４月にカナダへ入国しようと計画していたのですが、(workpermitの許可日も４月です)
諸事情により、９月に入国になりそうです。その場合どういった対応をすればいいでしょうか？
どなたか過去に同じ経験をしたことがある方いましたら、回答をおねがいします。

特に手続きなどは必要ないですよ
申請して送られて来ている書類は正確にはビザでは無くビザを取ることの出来る許可証のようなものです。その書類は発行日から1年間有効です。
入国して移民局から手に入るものが正真正銘のビザになります。
こちらは入国日より1年間有効なビザとなります。

ビザと称されている物は正確にはWork Permitであって、Visaでは無いんですけどね。