私は一年間カナダにワーホリ滞在した後、ビジターに切り替えさらに半年滞在して先月帰国しました。しかし帰国の日、カナダ出国の際に管理官がパスポートに挟まっていたビジタービザに気付かなかった為、私はそのビザを持ったまま日本へ帰国してしまいました。帰国後そのことに気づき、大使館に問い合わせビザを返却しましたが、その時にはすでにビザの期限は切れていました。(帰国は期限前でした。)

こういったケースでは、今後カナダに再入国する際に何か影響はあるのでしょうか？もし同じような経験をされた方がおられましたら、どうだったかおしえてください。

全く問題ないのでは？
ビザを帰国時に返すと言うのは聞いたこことがありませんが、
トピ主さんはなぜビザを返そうと思ったのでしょうか？

再入国の際に影響が出るのは、ビザを返す、返さないの問題ではなく
トピ主さんのカナダ滞在暦で変わってくると思います。
ワーホリを含んでトータル2年いたのであれば、次回の入国審査は
厳しくなるかもしれませんね。 　

＞カナダ出国の際に管理官がパスポートに挟まっていたビジタービザに気付かなかった為、私はそのビザを持ったまま日本へ帰国してしまいました。

管理官の責任ではありませんよ。大体、出国チェックをしてるのではなく、空港・航空機の安全管理をしてるだけです。。。ビザの種類はいろいろで、自分のビザに関しては、本人に責任があります。そのビザにはなんて書いてありますか？（これも個人によって違うので）出国の際返却するように書いてあるなら、ちょっと要注意です。以前友人は、YVRのビザオフィスに返却、航空券も見せたけど、更に搭乗の確認をするため、フライトアテンダンスに渡すようにという書類までもらってましたよ。
Remarksに何も書かれてないようなら、返却の義務はありません。

次回カナダに入国する機会があるなら、確実に日本に帰国したという証拠を残しておいたほうがいいと思います。（航空券の半券と帰国日の入ったスタンプのページ）いずれにしても、次回の入国は正当な理由と適切な滞在期間が必要だと思います。
　

もしかしてアメリカ入国の際のＩＷ９４の話と混同しているのではないかな？ 　

いえ、種類によってはカナダのビザを返却しなくてはいけません。