もうすぐ日本に帰国なので今年働いた分のＴ４は代行会社にお願いしようと思っています。

そして来年の秋にもう一度カナダに遊びに来ようと思ってるのでそのときチェックを交換すればいいかと思っていたんですが友人に「チェックの有効期限は3ヶ月だからそれは無理だ」と言われました。

チェックの有効期限って本当に3ヶ月なんでしょうか？？

政府発行のチェックは有効期限が無いはずです。 　

上の方が言われるように、政府発行のものであれば、期限はありません。
私は、以前、旅行者のためのGSTの還付があった時代に、還付金チェックを日本で受け取っていたのですが、手数料が多すぎるという理由で還付せずに忘れていたものを、たまたま一時帰国時に見つけて、3年後くらいにカナダで換金しましたが全く問題なかったです。 　

安心しました！ありがとうございます！ 　

日本の銀行でカナダの小切手を換金する場合は、振出日から６ヶ月(または３ヶ月)以内という規定がありますが、カナダで換金するのであれば、特に期限は問題ないかと思います。