彼が８月に来る予定でしたが飛行機が欠航になり、他にフィット出来る便が無く結局キャンセルせざるを得なくなりました。

しかもキャンセル料が６千円かかるとのこと。。

これってどうなんですか？

代理店いわく、代理店には非がないので貰うのはしょうがないとのことなのですが。。
いまいち納得できません。

今のところ返して貰える見込みはないようなのですが

キャンセル料は多分エージェントのコミッション
分なので返してくれないのでは？
確かにエージェントには非は無いよね。
飛行機が欠航となった場合もエージェントには
責任がない。 　

なぜ欠航になったのか・・もしエアラインの都合なら、交渉の余地は有るかもしれませんね。
　

航空会社の都合で欠航になった場合、必ず全額返ってきます。(ちなみに、どういった理由で欠航になったのでしょう？？)

代金はもう支払い済みですか？6000円のキャンセル料がコミッションということは考えられますが、返金額から引かれることはあっても追加で払うのはおかしいです。

これはどこの旅行会社でも一緒です。旅行会社にもう一度聞いてみましょう。2007年度より、どの旅行会社も約款が記載されている契約書面を渡すことが法律で義務付けられていて「運送機関の都合によるキャンセル」という項目にこのことが記載されているはずです。

約款を見直すか、約款を渡されていないようでしたら、それ自体が違反ですので、旅行会社に話してみてください。