現在ワーホリで5月末に切れます。その後観光ビザを申請し滞在延長を考えています。が急遽、3週間ほど日本に帰ることになり、ビザ延長の手続きが4月末まで出来ません（ビザ延長申請中に日本に帰国した場合、ビザ申請は自動的に無効になる為？）。

となると、4月末にカナダ再入国した後、早急にビジタービザ延長申請することになるのですが、その場合、特に注意する点などありますか？

それとも、ワーホリビザのステイタスを棄てて、4月末に再入国する際、ビジターとして6ヶ月滞在希望をイミグレで申し出たほうが良いのでしょうか？

ビザ申請は出国しても無効になりませんよ。再入国の時にはまだワーホリビザが有効なんですよね。なら、今から延長申請をしておいて、日本に帰り、ワーホリビザで入国、ワーホリが切れるまではワーホリ、その後は家に届いたビジタービザで引き続き滞在できます。