初めてエアカナダのエコノミーに乗ることになりました。
チェックインの荷物が1個目は無料、2個目は100カナダドルだそうです。
2個目の荷物のFeeはどのタイミングで支払うのでしょうか？空港でチェックインの際に財布だして色々したくないので、事前に申請してオンラインで支払いができれば一番ありがたいですが、よくわかりません。

あと地方の場合、成田でANA乗り継ぎなのですが、最終目的地まで100ドルで運んでくれるのでしょうか？それとも、1セクター100ドルなんでしょうか？

知っている方いたら、教えて頂ければありがたいです。

去年、12月帰国時に、２４時間前のオンラインチェックイン（エアカナダのアプリ）で、2個目の荷物の支払いをしました。100ドルはカナダドルなので、日本円換算で１万800円くらいの支払いでした。乗り継ぎはすみません、わかりません。

エアカナダで購入したチケットが地方まで、ANAと共同運行とあるなら地方までの荷物料金です。
私も関空までのチケットで、関空までその料金で運んでくれました。

日本行きはスーツケース無料一個、帰りは２個で追加料金はチェックイン時にカード支払いしました。オンライン前払いもできますね。

日本の飛行機に乗ればバッゲージ二つ無料なのに、なぜ最悪のエアラインACを選ぶのか理解できない。

ACの料金が追加荷物分往復$200を払っても安かったから購入しました。
日系は$700も高かったんです泣
浮いた分で美味しい物食べます。

私は１２月にJALで帰ろうとしたら高かった、１月に入ったら安くなると聞いて１４００ドルで買いました。

日本の飛行機に乗ればバッゲージ二つ無料なのに、なぜ最悪のエアラインACを選ぶのか理解できない。

ートピ主の質問まったく無視。自分の意見だけ言ってる上の方。。。気に入らないなら放っておきゃいいのに。暇なんですか？

エアカナダ私も嫌いです。普段は絶対選ばないけど、1度だけ乗った事あります。理由はオーストラリア行きで当時、他に直行便の選択肢が無かったから。2個目のスーツケースは私は預けなかったけれど、隣でチェックインしてる人がその場で払ってたかと思います。今はオンラインで支払えるんですね。カナダのクレジットカードで決済できればいいですね。

最終目的地が成田(NRT)以外の日本国内空港でも最終目的地まで一律＄100みたいですよ。※Loyaltyなし、Economyの場合

https://www.aircanada.com/us/en/aco/home/plan/baggage/checked.html#/

リンク張っておきますので、念のため最終目的地（例えば、新千歳だったらCTS）を入力してご確認ください。
1個23キログラムまで、それ以降は追加料金がかかるようです。

追加です。

You can pay any applicable baggage fees when you check in for your flight: online, on your mobile device, at the airport using one of our self-service check-in kiosks.

https://www.aircanada.com/ca/en/aco/home/plan/baggage/checked.html#/

How to Pay Baggage Fees をご参照ください。

＞日本の飛行機に乗ればバッゲージ二つ無料なのに、なぜ最悪のエアラインACを選ぶのか理解できない。
バンクーバーに住んでると知らないのかも知れませんが、条件次第ですよ。
バンクーバー発のANA便を使っても、カナダ国内で乗継でAC便が絡むと1個になります。