日本入国PCR検査は　「検体採取から搭乗便の出発予定時刻までが72時間以内であることが必要です」となっています。

トロント　→　NY　ー＞　ロスアンゼルス　→　ソウル　→　東京　

トロントからソウル出発まで31時間かかります。NY, Los, Soul はすべて空港内にいます。

トロント出発2日前に受けた検査だと、ソウル出発までに72時間以上経ってしまいます。
頭がグチャグチャです。

この搭乗便の出発予定時刻までが72時間以内とは　トロント出国の便の搭乗便に乗る前の72時間以内ですか？

ワクチンを受けないと自分で決めたのだから帰国はあきらめましょう。

空港内にいればワクチン打ってなくてもアメリカでトランジットできるんですか?

日本に帰国する人がトロントでチェックインするときにPCR陰性証明書を持っていないと飛行機に乗せてもらえません。
普通二日くらい前に検査を受け、２４時間くらいで陰性証明書がもらえる、次の日にチェックインして、日本に着いてもまだ７２時間以内。
それを過ぎていたら日本に入国できないかも。