昨年SINが変更となり、勤め先に伝えていたのに変更されておらず古いSINのままでT4を発行されました。
そして本日、新しいSINでサービスカナダよりT4Eが届きました。（CERBの$2000分？）
異なるSINでTAXリターンは可能なのでしょうか。
わかる方いましたら教えていただきたいです。

CRAの中で、古いSINと新しいSINは自動的に紐づいているので問題ないと思いますよ。
不安ならCRAに問い合わせてみたら良いと思いますが。

問題ないよ。
T5が7年ほど古いのままだったけど、情報は全部CRAに入ってたし、一度もCRAから咎められた事も無いよ。