以前取得したSINが学生ビザの期限と共に切れました。
現在は観光ビザで滞在中、夏に一度日本へ帰りまた
ワーホリで戻ってくる予定です。(POE所持)

A visitor record issued by IRCC or CIC, "indicating you are authorized to work in Canada" (政府サイト抜粋)
""の部分を見落としVisitor Recordでも期限延長出来るのかと思い
オンラインで延長申請をしてしまいました。
私は就労は認めれていない為、案の定有効なビザを提出してと手紙が届きました。
この場合Service Canadaへ行って何か事情を説明したりしなければなりませんか？
それともワーホリで戻った時に再度延長手続きをすれば特に問題はありませんか？

電話を掛けても長い時間待たされてしまいます。
どなたか詳しい方が居ましたら教えて頂けたら幸いです。
よろしくお願い致します。

そもそも、なんでSINの延長手続きしたんですか？
まあ、たぶん放置で良いと思うけど。
ワーホリで入国したときに古いSINも伝えてリンクしてもらうのを忘れずに。