私も日本の会社から日本の銀行に少額ですが収入があります。
Bank of Canada のサイトでもらった日付のレートを確認してカナダドルに換算して申告しています。
取引のある会社からは、日本国外在住の人に対しては源泉徴収はしなくてもよいという話で、現住所を確認できる書類や宣誓書みたいなものを記入した覚えがあります。それ以降はずっと源泉徴収はされていません。
もし日本で源泉徴収されていたら、カナダで計算した税金から、日本で支払った税金分を引くことができたと思いますが、やったことがないのでよくわかりません。