日本に帰国し、自宅待機期間に、自宅ではなくホテルで待機する場合に、予約を入れるホテルには隔離であることを伝える義務はあるんでしょうか？

それとも部屋からでなければ、伝えなくてOKですか？

タイムリーなトピックです。
私も同様の疑問を持ってました。

まあ、ホテル側に伝えた方がいいのでしょうけど、今月からワクチン３回で隔離なしの人も増え、いろんな条件の客が宿泊している中、基本部屋できちんと待機していて、清掃も断ればあえて外国からの帰国者だと伝えなくてもよいと思ってます。
もちろん聞かれたら正直に答えます。

特に義務はなかったと思いますよ。
因みに自分が帰省した時はレンタカーで帰るつもりだったのでシャトルバスの降り口近くかつレンタカー屋の近くのホテルを予約しましたが
帰国で隔離期間中に当たると伝えましたが、特に何の質問も返されないまま予約取れました。(なおオミクロンの影響で結局泊まることはなかったのですが)

陽性隔離と違い、複数回の陰性結果を受けた人間の宿泊なのでホテル側もそこまで気にしていないと思いますよ。

義務があるかどうかは分かりませんが、私はいつも伝えてます。
入国当日の空港の検査で万が一陽性だった場合、当日キャンセルしないといけないので。
（必ずキャンセル代が発生するホテルの場合はともかく、私がいつも利用するホテルは陽性だったらキャンセル代は発生しないです）

今は２４時間以内なら公共交通機関が使えるのでホテルのバスも使えると思いますが、以前は帰国者専用バスしか使えなかったので、言わなくてもバレてましたね、きっと。