T4が２つあるのですが、一つは永住権取得前に働いていたところからのもので、もう一つは永住権後のSINナンバーとなってます。

この場合、どうしたらよいでしょうか。

以前働いた場所から永住権取得後のSINナンバーに変えてもらったほうがよろしいでしょうか。

新しいSINの手続きの時、古い番号も伝えてませんか？
私の時はリンクできてました。
今月後半にCRAサイトを確認すれば確実かも。

CRAはあなたのSINが変わったことを把握していますから何も気にしないで新しいSINでタックスリターンして大丈夫ですよ。

自分は銀行のSINを何年も気づかず変更せずにいてT5も古いSINのままタックスリターンしていましたが問題ありませんでした。

今回送られてきたT4EにRepayment rate 30%と書いてあるのですが、これは払い戻しということですか？EIをもらったのに払い戻さなきゃいけないということですか？！

３さん

そうです。
でも30％の全てが払い戻し対象じゃなくて、
結局はタックスリターンで計算されて少し戻ると思います（年収によって）。