２週間後に生後９ヶ月の子供と一緒に一時帰国の予定なのですが、厚生労働省のホームページでこのように記載されています。

”子供も検査証明書を取得するようにお願いしています。
ただし、多数の国において、当該国の制度として未就学の子供には検査を実施して
いないことも勘案し、検疫においては、個別の事情をお伺いした上で、同居する親等
の監護者に帯同して入国する未就学（概ね６歳未満）の子供であって、当該監護者が
陰性の検査証明書を所持している場合には、子供が検査証明書を所持していなくても
よいものと取り扱うこととしています。”

最近帰国された方で子供の陰性証明がなくても入国できたという方いらっしゃいますか？

私も３歳の子供と一緒に帰国予定です。航空会社はANAなのですが電話で問い合わせたところ、厚生労働省の回答どおり、一緒に行く保護者が陰性証明をもっていれば、搭乗して日本に入国できるそうです。でも検疫を通るとき少し時間がかかる可能性はあるということでした。

ご参考になればと思います。

1歳未満の子供でも検査は受けないといけないので検査した方が良いですよ。
日本帰国時、2歳の子供の陰性証明も求められました。

↓このように説明してるサイトもありました。

【赤ちゃんも陰性証明書が必要？】
0歳のお子様からすべての方が必要です。
ただし未就学児（概ね6歳未満）については、多くの国が制度として検査を実施しないことも勘案し、また同居する親以外に不特定多数の人と接触する機会も少ないと考えられることから、親が検査証明書を所持している場合は未就学児が検査証明書を所持していなくても良いとされています。
しかしながら、チェックインの際に航空会社が日本の検疫所にこういった理由で持っていないと説明し、入国可否を確認しなければならず、基本はご用意頂くことがお勧めです。どうしても難しい場合は、ご自身で領事館・大使館にご相談の上、入手できないと領事館から証明書を発行して頂く事をお勧めいたします。詳細は最寄りの領事館・大使館へご確認ください。

搭乗される航空会社によって対処が変わってくるかもしれませんので、
1さんのようにお乗りになる航空会社に聞いて、さらに領事館にも確認してみてはいかがでしょう。
どちらからも必要ないと言われた場合も、当日は念のため該当ページをプリントアウトして証拠として持っておくのもいいと思います。

良い滞在になりますように。