現在コモンローでカナダに滞在しPR待ちです。結婚をすることになったのですが、その場合コモンローと同じようにまた資料を一から提出するのでしょうか。 また、日本で籍を入れてこちらで申請するほうが時間はスムーズなのでしょうか。

もう申請がファイルされてるなら、CICに連絡して結婚したと伝え、書類のアップデートすれば良いと思います。
私はFamily Classじゃないのですが、移民申請中に結婚したとき、そうしました。

日本に帰るのはやめた方がいいと思います。きちんとして手続き？ーすみません、聞いた話し＋うろ覚えで内容はなんとも〜してからじゃないと、コモンローステータスがなくなると聞いたことがあります。