FidoのiPhone を2年くらい使っていて、データプランにもはいっています。wi-fiのないところでは、wi-fiのマークのところに、今まで3Gと書いてあって、インターネットも快調だったのですが、あるときからEと、なるようになり、インターネットが遅くて困ってます。どなたか教えてください。

3Gはその名の通り第３世代の通信規格で、Eが意味するのはEDGEと呼ばれるGPRSを拡張したGSM系の第2世代の通信規格です。
通常は端末である程度(Auto、GSMのみといった程度)どの通信規格を使用するか設定出来るはずですので、まず確認する事は端末の設定でGSMのみになっていないかの確認ですね。
iPhone(と言うよりApple製品)は使ったことが無いのでどこを見れば良いかは分かりません。取説やネットで調べれば出てくる物なのでこれぐらいは自助努力でお願いします。

ただ、Autoになっていれば電波状況とか諸々の理由で3GとEDGE、もう一つ遅いGPRSの規格を移動する事はありえます。時々Eになる程度であれば正常な動作の範囲だと思います。が、データ通信が3Gではなく常にEに落ちるようであれば、Fido(というか、Rogers)のネットワーク側に何か問題があるのかもしれません。Fidoのショップ等で聞くべきだと思います。
例えば3Gのネットワークをメンテナンスしていて3Gの電波が出ていないとかね(こっちの会社は昼間に平気で作業しているようなので・・・) 端末で3Gに固定出来るのであれば3G固定にして試してみるというのも一つの確認方法ですね。
ただ、データ通信のサービス規約上では通信規格には触れられず最大○○Mbpsの様な表現となっているはずなのでEDGEでも通信が出来れば厳密にはFidoが提供するサービスとしては責務と果たしている事になるので、どこまで対応してくれるか・・・とは思いますが、何もしないよりはマシです。