現在のワーホリビザが切れるため、観光ビザの申請を考えています。
オンラインでの申請ではなく、Application formに記入して郵送での申請で、
Document checklist Applicants in Canada) IMM5721にある書類を集めている所です。

チェックリストの項目の一つに
valid passport(must must be one blank page other than the last page availableとあり
私の認識では、パスポートそのものをCICへ送り、パスポートにシール状のビザが貼られて
返送されてくるのだと思ったのですが、
友人から、エージェントではパスポート本体ではなくコピーを送れと言われた、と聞きました。

昨日CICにメールで問い合わせましたが返答がなく、問い合わせ先の電話番号も探せずにいます。

最近ビジタービザを申請された方、パスポートはどうされましたか？

見る場所を間違えていますよ
トピ主さんの言っているドキュメントチェックリストは、ビザ免除国以外の国の国民が
カナダに入国するために必要なビザの申請の際のものです。
日本人がビジターで滞在延長するためのビザのチェックリストはこれです。
http://www.cic.gc.ca/english/pdf/kits/forms/IMM5558E.pdf
パスポートはコピーを送れと書いてあります。

なるほど、そうだったのですね。
助かりました。ありがとうございます。