私の働いてるレストランでは、クレジットカードやデビットカードの使用手数料をチップから出しているようなのですが、これは合法なのでしょうか？　またこの様な件に対してのクレームをする場合、どの機関にするべきなのでしょうか？

ご存知の方、教えて頂けると助かります。

ここの　f　にありますね。
http://www.labour.gov.bc.ca/esb/igm/esa-part-1/igm-esa-s1-wages.htm

However, under s.21(3), an employer may not use tips to cover a business cost.

ここにも、
https://www.go2hr.ca/articles/understanding-tips-gratuities

Can the employer collect for shortage or breakage?

No. 、、、 Attempting to recover these costs from tips is illegal、、、

ジャパレスでしょうか？
千寿司は火事で閉店しちゃいましたからそこじゃないですよね。

カード会社の手数料、チップにかかる手数料分を引かれるのは違法ではないです。

クレームも良いですが、トピ主さん、もちろんチップもインカムタッスの時に申告していますよね。