JALで発行されたエアカナダの区間は、基本IATAの規則によって販売を行った航空会社のルールが適応されます。
http://www.jal.co.jp/other/info2011_0304iata.html
まず、JALからカルガリー〜バンクーバーをAC利用で、バンクーバー〜成田がJAL利用を買った場合、
飛行距離の長いJALがMSC、最重要航空会社としてJALの運送規約が全区間で適用されます。
エコノミーは2つ、ビジネスは3つ、32Kgまで預けられます。(ACはビジネス23Kg×2)
もしJALのチケットに手荷物の制限等の記載が全く書いてない場合、ステップ3に書いてある通りチェックインを担当する航空会社、エアカナダのルールになる。(通常は書いてある。)
またエアカナダが1個に戻っても、JALでエアカナダの分を発券してもらえば2個のままです。