アルバータ州は領事館に戻ってくるそうですが、BCで知人が免許を書き換えたら、
そのまま日本の免許証が戻ってきたと言っていました。

BCのルールが変わったのでしょうか？それとも担当のミスでしょうか？

あるいはあなたの聞き間違い？

いずれにせよ、没収されたからって何も問題ないですよ。
日本に戻った時に、ＢＣ州で没収されたと言えば再発行してもらえますし、その時に日本はＢＣ州の免許証は没収しませんので。海外で免許を切り替えて没収されることは良くあることなので、日本の免許センターも普通に手続きしてくれます。