もう10年以上前なので、参考になるかどうかわかりませんが、
1.バンクーバー出発の場合は、レイルパルは使えませんでした。
バンクーバーからシアトルまでの片道切符を買った記憶があります。
(シアトルからバンクーバーへ戻る場合は、パスが使えました)
2.サンフランシスコからのバスがどういったものか分かりませんが、
列車が走っていない区間をバスが運行している場合はパスでも乗車できました。
(フラッグスタッフからグランドキャニオンまでなど)
アムトラックのサイトに、
The USA Rail Pass is valid for travel on all Amtrak trains except:
Thruway bus connections (7000-7999 series)
とありますが。確認してみてください。
http://www.amtrak.com/servlet/ContentServer?c=Page&pagename=am%2FLayout&cid=1241305460725
私が旅行したときは、乗り換えの制限などはなかったように思いますので、
ルールが変わっているかもしれません。
上記サイトにトールフリーの電話番号があるのでお問い合わせしてみてはいかがでしょうか?