個人もしくは中小企業で予算が少なく、はじめてショッピングカート付きのウェブサイト運営をするのなら、
http://www.ocnk.net/とか、
http://shop-pro.jp/などの、こういう既にショッピングカート付きのテンプレートで小さく始めてからの方がリスクが少なくて良いと思いますよ。
ウェブサイトを作ったからと言って、その日からすぐに売れ始めるというものではないですし、まず、検索エンジンの上位表示ができていないですからそこからです。だから、最初は小さく作って更新をこまめにして検索エンジンの上位を目指し、上がってきたら徐々に売上が出てくる、という感じで、サイトを作ればすぐに大量にモノが売れるわけではありませんから、初期費用は小さめに抑えておいて、売上が出てきたらオリジナルデザインでショッピングカート付きのものをオーダーメイドすれば良いのでは?と思います。