移民ビザを所持している物です。
明後日、日本に行くことになりました。
日本のパスポートの有効期限が８月始めまでしかありません。（３ヶ月と少し）
PRカードは９月初めまでです。（４ヶ月と少し）
新しく更新をしていく時間も無く、
日本滞在も短いため更新が出来そうにありません。

日本側は問題ない様ですが、カナダに戻ってこれるか心配です。

そろそろ、更新の準備をしなければいけないと思っていたところ、
急に帰国しなければならなくなりました。

ご存知の方、宜しくお願いいたします。

いつまで滞在か知りませんが有効期限内に戻ってくるのなら（トピ主の場合ならパスポート期限優先）
何も問題ないのでは？
あとはカナダに帰ってからどちらも更新申請すればいいだけでしょ。
パスポート日本で直ぐ更新しても1週間で受け取れますけどね。（東京の場合ですが）

トピ主様は日本にどのくらい滞在予定なのでしょうか？？
私が理解している限りでは・・・
PRカードが切れる前ににカナダに帰国していれば大丈夫だと思います。
（急にご帰国されるということで、何か特別なご事情がおありだと思います。帰国の際にオフィサーから何か言われるかもしれませんが、ちゃんとした理由をつければ大丈夫かと思います）
また、PRカードが９月に切れるとのことですが、カナダを出国しない限りその後もカナダに滞在できますのでご安心を（以前、CICに同じような質問をしたことがあります）。
でも念のため、一度CICにご相談されてみてくださいね！

その前に、日本のパスポートを日本で更新しないといけませんね。
もしくは日本のパスポートが切れる前にカナダに帰国して、こちらの領事館でパスポート申請する。

パスポートの必要残存期間は、国ごとに決められていたような気がします。

↑決められているけど、とぴ主さんは日本のパスポートですよね。日本人が日本に帰国は期日が切れるぜんじつでもOKだったはず。

しかし、カナダにもどるときは残り３ヶ月ですとどうでしょうか。

やはり日本についたらパスポートの更新をしたほうが懸命であろうかと思いますよね。但し住民票をすでに抜いてしまった場合は、再度作らないといけません。パスポート申請に必要です。
その他の必要書類と写真を添えてお近くのパスポートセンターに出向きましょう。

普通は一週間で受領できますが、地方のばあいはどうでしょうかね。

PRカードは残り４ヶ月あるのでそれまでにカナダにもどればいいのではないでしょうか。

↑　地方の場合

私の実家は山口という超ドいなかですが、翌々日にはできたそうです。本人が直接県庁に行って申請、翌日には受け取りようのはがきが送られてきて、それをもって再度県庁で受け取り。最短で翌日〜翌々日だったそうです。参考までに

沢山の有益なコメントありがとうございます。
最寄りのパスポートセンターに確認したところ、パスポートの更新に１週間ほど掛かるとのことでした。
週末着、一週間未満の滞在。更新が可能か一度トライしてみます。
間にあわないようなら、現在のパスポートでカナダに帰ってきます。