来年１月に一時帰国しようと思っています。成田経由で地元（地方都市）への乗換えがあるのですがどの日にちで検索してもＥＮＡＢＬＥの赤文字になってしまい、買えずじまいです。日にちもフレキシブルを選択もしています。東京までのものはすぐ出てきます。

いつもネットから購入して一度も問題がなかったのですが、何か検索の仕方が悪いのでしょうか？ここ１ヶ月程同じ結果です。それともチケットを買う時期が早すぎるのか・・
旅行代理店から買うことはあまり考えていません（万が一キャンセルの
場合、料金が高いため）何かご存知の方、是非教えてください。

どこへ帰られるのかわかりませんが、その乗り換えは成田から出ていますか？
とりあえず福岡は成田からのフライトがあるので試してみましたがなんの問題もありませんでした。
日本の国内線は羽田発着が多いので、そのせいかもしれません。あるいは、国内線はエアカナダではないからかも？
エアカナダのサイトで取れるのは、おそらく大阪（伊丹）、福岡、名古屋、札幌くらいの主要空港だけかもしれませんね。（その他も出ているのかどうかは知らないので、もしかして他にもあるかもですが）

それだと国内線はJALかANAのサイトで別に取るしかないですね。
それだと乗り継ぎにならないので、荷物の制限とか違ってきて面倒なのですが・・・

ACのサイトからの予約の場合、成田発の国内線は空いていないと出てこないことが多いです。
なんせ他社便ですからね。
サイトではなく旅行社なら乗り継ぎの国内線を取れたことがあります。一度問い合わせてみたら？