日本から国際免許証を持参していますが、滞在が半年以上になる為、BCの免許の取得が必要になりました。

聞いたところによると、BCの免許証を取得する時に、日本で追加で発行してもらった国際免許ではなく、財布サイズの一般の日本の免許証を没収され、帰国時にも手元には戻らないといわれました。BCの発行された免許を持って帰国し、それを持って日本の免許を再申請しに行きなさいと。。。　日本の免許を取り上げられるのにも納得いかないうえ、帰ってこないって本当かしらと思うのですが、そういうものなんですかね？ちなみに日本で免許の再発行ってそんな簡単にできるんでしたって？

ご存じの方、教えてください。

この手の質問、この掲示板でイヤってほど出てますよね。
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結論から言うと、他国で没収された場合、日本に戻ってその旨を伝えれば、簡単に再発行してもらえます（他国が免許を没収するのは、本人のコントロール範囲外のことですから、叱られることも何もありません）。

BC州の免許に切り替える前に、日本の免許証のコピーを取っておくと、帰国後の再発行手続きがスムースにいきます。

日本の免許を取り上げらるのは、仕方ないです。BC州では、他国の運転免許証でも運転ができてしまうので、BC州に切り替えた場合に2枚持っていると、有効な免許証を2枚保持していることになり、悪用される可能性があるからです（事故を起こしても、自分の都合の良いほうの免許を提示するなど）。