カナダへ行く時(もしくは日本へ戻る時)ノートパソコンを持って行った人はどうやって持って行きましたか？
やっぱりパソコン用のかばんに入れて機内へ持ち込みですか？

パソコン用のクッション入りのケースに入れて、預けるハードスーツケースの洋服の間に入れるのは危険ですかね？

経験談を教えてください。

私はパソコン用のクッション入ケースに入れて手荷物にして持っていきました。荷物が多くスーツケースに入らなかったこともありますが、確かエアカナダでは手荷物にするよう指示されていました。トピ主さんの乗る航空会社の荷物状況を一度調べられたら良いと思います。
※確か預け荷物のX線がPCに影響するとかで手荷物にするのが良いようなことを聞いた気がします。(本当かは分かりませんが)
きちんとした回答でなくてすみません。 　

レス１さん、お返事ありがとうございます。
やっぱり預け荷物にするのは無理なのですね。 　

いや！
別に無理ではないですよ。
私も過去にPCを二つ持ってこなければいけないときがあったので
1個は手荷物で、もうひとつはスーツケースの中に入れました。
バスタオル、エアキャップ、そして真ん中に入れれば問題ありませんでした。保障はないけどね。 　

割れ物扱いにしてくださいって言えば、それなりに大丈夫かも。でも、チェックインカウンターでやっぱり保障はできないので、機内に持ち込んでくださいって言われる可能性の方が高いと思う。

個人的には、チェックインの荷物って遅れることもあるし、なくなることもあるんで、信用できないんですよね。なくなったことはないですが、１日遅れて届くってことは結構経験しているので。なので、チェックインの荷物には重要なものはいれないようにしています。

あと、チェックインしたスーツケースが壊れて返って来たこともあるので、割れ物指定以外の取り扱いは結構雑だと思います。 　

万が一を考えると重くてかさばっても手荷物の方が良い感じがします。ただ手荷物も持ち込み制限があるはずなので、持ち込み制限量を調べた方が良いです。 　

昔WinのCE機を丈夫だからと言うのをいいことに、いつもスーツケースに入れて預けていました。
5回目くらいに壊れました（笑）。