>税金を払わずに持ち込めるたばこのカートン数は、利用する飛行機に
>よっても違うと思います。
飛行機によって違うなんていうことは、あり得ないと思います。。。
>日本からカナダ直行便の場合は2カートンまで免税されますが、アメ
>リカ経由便の場合は1カートンだそうです。
免税店のスタッフに聞いたということですが、勘違いではないでしょうか。免税かどうかは、飛行機や国に関係なく、カナダを離れていた時間によってのみ変わるようです(カナダカスタムのウェブページに行って調べてみましたが、行き先によって変わるようなことは書いてありませんでした)。
http://www.cbsa.gc.ca/E/pub/cp/rc4161/rc4161-e.html#P006
Tobacco products
You are allowed to bring in all of the following amounts of tobacco into Canada without paying duty:
200 cigarettes;
50 cigars or cigarillos;
200 grams (7 ounces) of manufactured tobacco; and
200 tobacco sticks.
You may bring in additional quantities but you will have to pay full duty and taxes on the excess amount. If you plan a side trip abroad during your visit, you must be out of Canada for at least 48 hours to be eligible to claim these entitlements again.