ワーホリ中にパスポートの更新をしました。
ワーホリのビザは古いパスポートの方についたままなので、飛行機に乗る時には、新旧両方のパスポートを持っていかないといけないですが、問題は無いです。
戸籍謄本かなんかの書類と、パスポート用の写真があれば、バンクーバーの日本領事館でも更新手続きはできるので、私はバンクーバーで更新しました。
手続きに1週間くらいかかって、その間はパスポートを領事館に預けたままになるので、パスポートを使う用事がなさそうな時に行くといいと思います。
http://www.vancouver.ca.emb-japan.go.jp/jp/consular_j/passport_j.htm
私も似たような状況でしたが、日本でやると、一時帰国期間中にパスポートの更新手続きが終らないと困ると思ったので、一時帰国のときに、書類とパスポート用写真(今の日本のパスポート用写真って顔が何センチ以上とかややこしいです)だけ用意してバンクーバーで手続きをしました。
日本より空いてていいですよ。