エアカナダを利用して、日本へ一時帰国します。

友達と隣同士の席がいい場合、チェックインのときに
友達のすぐ後ろに並び、同じカウンターの人にチェックインをしてもらい
一言添えればいいのでしょうか？

その際、英語でなんと言えばいいのか教えてください。
i would like to sit down on a seat next to her.
これで大丈夫でしょうか？

Issho ni Check in shite, tell them that you want to sit together. 　

REs1さんの言うとおり、一人ずつチェックインするのではなくて、二人一緒にチケットを出して、チェックインするといいですよ

一人ずつチェックインすると、はじめにチェックインした人がひとつだけ空いている席にアサインされていしまう可能性がありますから
　

最近は購入時に座席がアサインされているケースが多いので、空き状況によると思います。 　

↑それでも、カウンターでトライする価値はありますよ。
たいてい親切に探してくれますよ。（勿論空席状況によっては難しいですけど） 　

http://www.aircanada.com/en/travelinfo/traveller/checkin/
ネットが使えるならご自分でどうぞ。