ワーホリからビジターに延長の為、ビザ申請手続き中なのですが・・・・書類一式と振込み済みの領収書をＣＩＣに送付したのですが１週間くらい経った頃、振込み用紙だけが送られてきました。銀行で確認したらきちんと支払い済みになっていました。もし同じような経験した方いましたらどうするべきか教えてください。

既に支払っているとＣＩＣに言えばいいだけの事です。
もし証明が必要なら銀行のＷｅｂページでもコピーして何月何日に支払っていると、その箇所にマークでもして送ればいいのではないでしょうか。

次回があるかどうか存じませんが領収証のコピーは取っておいたほうがいいですよ。