もう遅いかも知れませんが・・・、
Airways Transitが現状一番簡単な行き方ですね。
ピアソン空港ターミナル1の1階にout of town vanカウンターがあるので、
そこでウォータールーまで行きたいと伝えると案内してくれますよ。
ただ、少し値段がはります。$50~70くらいだったと思います。
値段を抑えたいなら、Mississauga Transitのバス(7 southとかだったと思います)でSquare Oneまで行き、
そこからGo busでウォータルー大学までこれます。
これなら片道$18くらいでこれます。
参考
Airways Transit:
http://www.airwaystransit.com/