カナダ国内の旅行の主な移動手段はレンタカー又は長距離バスだと思います。長距離バスでしたらGreyhoundがありますよ。
http://www.greyhound.ca/en/
電車は特別な区間を除いては移動手段には向きません。特別な観光地、たとえばバンフ〜ジャスパー間、トロント〜ナイアガラ間などでしたらシャトルバスや、ツアーバスもあります。
ですので、カナダのどこに行くかにもよりますが、いくつかの都市に行くのであれば飛行機の周遊券を買ってたとえば、行きはバンクーバーまで直行、バンクーバー周辺観光後、カルガリーに飛ぶ、バンフを見て更にトロントまで飛んで、ナイアガラ観光後トロントから日本へ、なども出来ます。 でも、もし時間だけはあるし、小さな地方都市も行きたい。と、言うのであればバンクーバーからトロントまでカナダをバスで横断する事も出来ます。
ちなみにあたしは東部の島、ニューファンドランド島からナイアガラまで3000Kmを自転車で旅したけどね。